Cálculo Preciso de la Temperatura de Fusión (Tm) de Primers de ADN: Calculadora de Temperatura de Anillamiento

El cálculo preciso de la temperatura de fusión (Tm) de los primers de ADN es crucial para el éxito de las reacciones de PCR. La regla de Wallace proporciona una estimación rápida basada en la composición de nucleótidos, lo que permite ajustar la temperatura de anillamiento (Ta) de manera efectiva.

TL;DR

• La regla de Wallace estima la Tm de los primers de ADN usando la fórmula: Tm = 2(A+T) + 4(G+C).
• La temperatura de anillamiento (Ta) suele ser unos grados menor que la Tm.
• La fórmula es más precisa para primers de 14 a 20 bases.
• Confirme siempre las estimaciones de Tm con condiciones de laboratorio.

Inputs

• Primer Sequence: Secuencia de ADN compuesta solo por A, T, G, C. No incluir espacios ni bases ambiguas.
• Salt Concentration (optional): Concentración de sal en mM, por defecto 50 mM. Úselo si el modelo lo soporta.

Method and Formula

La fórmula de Wallace para calcular la Tm es: [ T_m = 2(A+T) + 4(G+C) ] Esta fórmula se basa en la composición de nucleótidos del primer, asignando 2°C a cada par A/T y 4°C a cada par G/C. Es una regla empírica útil para estimaciones rápidas.

Worked Example

Supongamos un primer con la secuencia: ATGCGTACGTTAGC

• A/T: 6 bases
• G/C: 8 bases Aplicando la fórmula: [ T_m = 2(6) + 4(8) = 12 + 32 = 44°C ]

Validation and Edge Cases

• Longitud del Primer: La fórmula es más precisa para primers de 14 a 20 bases.
• Errores Comunes: Asegúrese de que la secuencia solo contenga A, T, G, C.
• Redondeo: Redondee la Tm al grado más cercano.

References

• Primer Design
• Osprey: a comprehensive tool employing novel methods

FAQ

1. ¿Por qué es importante la Tm en PCR? La Tm es crucial para determinar la temperatura de anillamiento adecuada, lo que afecta la especificidad y eficiencia de la PCR.

2. ¿Qué sucede si mi secuencia tiene bases ambiguas? La fórmula de Wallace no es aplicable a secuencias con bases ambiguas; deben ser excluidas.

Benchmarks

The cost of 0.1

No se aplica un costo económico directo, pero una Tm incorrecta puede resultar en reacciones de PCR fallidas, lo que implica tiempo y recursos desperdiciados.